本故事承接上集假太后潜入宫中谋夺皇位计划失败后，逃脱返回神龙教坛向教主请罪，及后教主道出自己已时日无多，下令假太后现身变回龙皇接杖神龙教主之位及辅助平西王吴三桂登上皇位。宫庭内康熙皇帝设宴款待平西世子，怎料韦小宝被发现是丽春院的小子，及后皇上宣布赐婚其妹建宁公主给吴应熊，下令小宝与众臣护送出嫁。驿馆中，多隆哭诉小宝被奸人害死，怎知小宝出现，吓至多隆面容失色，逼他出街大叫“反清复明”找出反贼陈近南，怎料双皇一早设计使多隆闯入平西王府遇见吴三桂，多隆以为吴三桂是陈近南而大叫口号，被王府众侍卫狂打……众人骑马逃走时，怎被皇上及大批官兵追上包围，最后康熙亦念旧日之友情及建宁公主，而放过所有人。
韦小宝（周星驰饰）要护送建宁公主（邱淑贞饰）嫁到云南，在途中遇到了独臂神尼的刺杀。小宝被抓走后，借口拜神尼为师，其实是想追求其徒弟阿珂（李嘉欣饰）。不料韦小宝被神龙教圣女龙儿（林青霞饰）抓走，想要报了之前在王宫里埋下的仇恨，却没想到遭到了平西王的陷害。韦小宝极力相救，龙儿以身相许更把绝世武功传于韦小宝。韦小宝与公主之间的事情被平西王发现了，平西王更提前造反，小宝将贪图富贵的冯锡范骗到东郊皇陵，没想大那里竟然饰大清龙脉……
韦小宝（周星驰饰）与神龙教圣女龙儿结仇，龙儿回到圣坛易容（变成了林青霞），并接任了教主之职、韦小宝奉皇上旨意，到云南安抚即将造反的吴三桂父子，路上被独臂神尼、神龙教、天地会、云南王等多方势力挟持终得化险为夷、还赢得了包括龙儿在内的众多姑娘的芳心。韦小宝到达云南并顺利地打击了吴三桂父子，回到京城受到皇帝赏识，但由于此时韦小宝身份过于复杂，韦小宝得到了《四十二章经》的启示，找到了满清宝藏，为皇上除掉了坏人，荣归故里。